Se llama así en honor al patrón del pueblo, San Juan Evangelista. Anteriormente este pueblo se llamaba San Juan Michiapan o Paso de San Juan; en 1931 era una congregación de la jurisdicción del pueblo de Sayultepec o Sayula.

Se encuentra en la zona sur del estado, a 260 por carretera de la capital Xalapa. Su extensión territorial es de 1,257.65 km, lo que representa un 1.75 por ciento del total del estado.

Tiene un río, el San Juan, que es tributario del Papaloapan. Su clima es cálido-regular con una temperatura promedio de 25 grados Centígrados.

Su vegetación es de selva alta y baja perennifolia con manglares y especies de dunas costeras. Se pueden encontrar animales como armadillos, ardillas y conejos; tlacuaches, tuzas, reptiles y aves diversas.

La riqueza natural de este municipio está representada por minerales como el azufre, sílice, arena y arcilla; así como maderas preciosas.

Su fiesta patronal es en honor a San Juan Evangelista y se celebra el 27 de diciembre con procesiones y danzas, donde se escucha su música típica la cual son los tríos huastecos, conformados por guitarra quinta, jarana y violín, con lo que se interpretan corridos y huapangos, coplas, trovas y décimas.