El nombre que este municipio lleva es en honor al médico Rafael Lucio Nájera. Se encuentra en la zona central montañosa del estado, en las tributaciones nororientales del Cofre de Perote a 9 km al noroeste de Xalapa.
Este poblado tiene sus antecedentes en el poblado llamado en 1586 San Miguel del Soldado, que era una venta establecida ahí después de consolidada la conquista.
Fue en 1735 cuando el virrey Juan Antonio Vizarrón y Eguiarreta, autorizó la fundación del pueblo.
En 1932 se crea el municipio y se le denomina Rafael Lucio. Tiene una extensión territorial de 11.54 Km2, lo que representa un 0.02% total del estado.
Cuenta con pequeños arroyos, que son tributarios del río Actopan, así como un clima templado-húmedo, con una temperatura promedio de 23.5 grados Centígrados y una precipitación pluvial media anual es de 1,500 mm.
En este municipio, la vegetación es de tipo bosque templado caducifolio, donde se pueden encontrar especies como liquidámbar, ocozote, encino, fresno, álamo y sauce.
Respecto a su fauna, hay poblaciones de coyotes, armadillos, zorros, conejos, mapaches, gavilanes, jilgueros, búhos, calandrias, primaveras y víboras.
Su fiesta más destacada es la que se celebra el 29 de septiembre en honor a San Miguel, patrono del lugar, y lo hacen con bailes, juegos pirotécnicos, música, danzas y feria.
Aquí se elaboran sillas y muebles rústicos; y en cuanto a su gastronomía, el mole, chocos, barbacoa y atole negro es lo típico.