El nombre de este municipio es en memoria al mártir del agrarismo, Juan Rodríguez Clara, sacrificado en ese lugar. Se ordenó en julio de 1925 que la congregación de Nopalapan de Zaragoza se denominara de esta manera.

Las tierras de este municipio pertenecían a principios del siglo XIX a la hacienda de Juan Bautista Nopalapan, por ello en 1918, el poblado El Burro del municipio de San Juan Evangelista se denomina Nopalapan de Zaragoza.

Este municipio se encuentra en la zona sur del estado, en las estribaciones de San Juan de Papaloapan, a una distancia de Xalapa de 335 km por carretera. Su extensión territorial es de 992.61 km2, lo que representa el 1.38% del total del estado.

Tiene un clima cálido-regular con una temperatura promedio de 25 grados Celsius, y una precipitación pluvial media anual de 1266 mm. Se encuentra regado por pequeños ríos tributarios del Papaloapan.

Su ecosistema es el de selva alta perennifolio, donde hay especies como el chicozapote, zapote mamey, guayacan y hule; en cuanto a su fauna, hay poblaciones de armadillos, ardillas, conejos y tejones.

Sobre las celebraciones que se llevan a cabo, sobresale la Feria de la Piña, donde se realiza una exposición ganadera, agrícola, artesana, industrial y cultural, con bailes populares, juegos pirotécnicos y encuentros deportivos.

También se realiza del 16 de julio la fiesta en honor de la Virgen del Carmen con actos religiosos y el 22 de diciembre se conmemora la creación del municipio libre.

En estas celebraciones se puede apreciar su música tradicional, la cual es el Son Jarocho y el Huapango.

En sus artesanías figuran la Cerámica, cestería, zacate y chinanteca.