Su nombre proviene de Cuauh-tuch-co: cuahuitl, “árbol”; Tuchtli, “conejo”; Co, “en”, lo que significa «En el conejo de los árboles». Los indios llamaban Cuauhtochtli a una especie de ardilla que vive en los árboles.
Este municipio se encuentra en la zona central montañosa del estado, sobre las estribaciones de la Sierra Madre Oriental, a u 125 km de Xalapa.
Anteriormente, durante el siglo XVI esta población recibió el nombre de San Antonio Otlaquiquiztla y su cabecera se encontraba en el pueblo de Santiago Huatusco (hoy Carillo Puerto). Con el paso del tiempo fue perdiendo el nombre de Otlaquiquixtla hasta ser solo San Antonio y como pertenecía a esa provincia, se le comenzó a decir San Antonio Huatusco.
Cuando Guadalupe Victoria fue Presidente y sabedor de que el H. Ayuntamiento de Huatusco quería darle a la población su nombre, el Presidente les envió la siguiente carta:
«Mi afecto hacia Huatusco es bien conocido y que se ha fundado en los relevantes testimonios que dio a la patria de su singular adhesión a la causa de la libertad en los tristes días en que fuimos revueltos en una serie continua de desgracias. Fui testigo de sus sacrificios; en Huatusco se apoyaron mis planes de campaña; a sus hijos debí auxilios incesantes. La Patria y yo le estamos siempre agradecidos.
Sírvase explicar a todos los habitantes de Huatusco, que hasta donde me sea posible contribuiré a elevarlo como tiene merecido, y que el nombre de Huatusco debe conservarse porque es un título de gloria y honor».
Tiene una extensión territorial de 202.47 km, lo que representa un 0.29 por ciento del estado.
Tienen pequeños ríos tributarios del Jamapa, que desemboca en el Golfo de México y forma la Barra de Boca del Río.
su clima es cálido-húmedo, con una temperatura promedio de 19.1 grados Celsius y una precipitación pluvial media anual de 1,825.5 milímetros.
Su vegetación es de subtropical perennifolio, donde se desarrolla una fauna compuesta por poblaciones de conejos, ardillas y armadillos.
Minerales como arena, mármol y arcilla, ademas de sus recursos forestales representan su riqueza natural.
Se celebran fiestas populares en honor a San Antonio de Padua el 13 de junio, también el 22 de noviembre celebran la fiesta en honor a Santa Cecilia, patrona de los músicos. Del 1 al 22 de diciembre, la fiesta religiosa en honor a la Virgen de Guadalupe; el 3 de mayo, fiesta religiosa en honor a la Santa Cruz y en diciembre se lleva a cabo la feria.
Las artesanías de este lugar son la talla de maderas preciosas y de cafeto. Además de cerámica, velas y bordados.
Sus platillos típicos son el tlaltonile, chicatana en salsa y guisadas, flor de izote, tamales, chilatole, con huevo, tepejilote, chachana y gasparitos, así como tamales de cosamalo.
Como punto turístico está el Cerro de Guadalupe, donde se puede admirar toda la ciudad de Huatusco; también, la cascada de los tres chorros a un costado de donde fue instalada la primera planta de luz, la cascada de Tenexamaxa, las cañadas, la laguna de Santo Domingo, el Cerro de Acatepec y pinturas rupestres de Chavaxtla.