Su nombre es en honor al político Felipe Carrillo Puerto, defensor de las clases indígenas.

La historia de este pueblo es prehispánica, el pueblo se denominaba Cuauhtochco. En 1521, tras la conquista, se reveló siendo sometido por González de Sandoval.

En 1824 se da una disputa entre el pueblo de Santiago Huasteco y Coyucuenda, que da paso a la posesión de las tierras que correspondían a Santiago Huatusco, pero en 1943, se trasladan los poderes a un lugar llamado Paso las vacas, por petición del pueblo y encabezado por el general Cándido Aguilar; dichos terrenos se encontraron ubicados en el pueblo llamado Tamarindo, lo cual fue autorizado por el Gobierno del estado y se llamó al municipio Felipe Carrillo Puerto.

El decreto del 5 de noviembre de 1932 ordenó que el municipio y la cabecera se denominaran Carrillo Puerto, en honor del revolucionario yucateco Felipe Carrillo Puerto aunque en 1944 se declaró cabecera municipal a la congregación de Tamarindo.

Este municipio se localiza en la zona centro del estado. Tiene una extensión territorial de 249.15 km, lo que representa el 0.34 por ciento del total del estado.

Cuenta con pequeños ríos que son tributarios del Jamapa y otros del Cotaxtla, Atoyac y Atizapa.

Sobre su clima, es cálido-seco-regular, con una temperatura promedio de 25 grados Celsius y una precipitación pluvial media anual de 813 mm.

Su vegetación es de selva baja caducifolia, donde hay especies como cedro, jobo, uvero, coyol, palma real, rosa morada, chacha guacíma y ceiba.

En cuanto a su fauna, hay poblaciones de armadillos, coyotes, mapaches, tlacuaches, zorros, conejos, comadrejas, murciélagos, chachalacas, garzas, palomas, zopilotes, lechuzas, colibríes, víboras de cascabel e iguanas.

En este municiopio hay monumentos muy antiguos, como la pirámide ubicada en el rancho “El Fortín”, donde se cree, habitó en epocas pasadas La Malinche. También hay una iglesia en la comunidad de Santiago Huatusco, en la cual existieron dos campanas de oro que en el momento de ser robadas rodaron hacia el río Atoyac y por motivos de peso nunca fueron encontradas.

Sus celebraciones religiosas son el 15 de mayo en honor a San Isidro Labrador, santo patrono del lugar.

La música típica de este lugar es el danzón, música tropical y los sones jarochos, interpretados por la guitarra, los violines, la vihuela y el contrabajo son característicos de este municipio.