El nombre de este municipio significa “entre aguas”, derivado del náhuatl Atl, “agua”; Tsalan, “en medio o entre”; y se le dio ese nombre debido a los arroyos que rodean la región donde ahora se encuentra su cabecera municipal.

Se encuentra en la zona centro del estado, en las estribaciones montañosas de la Sierra de Chiconquiaco, a 75 km de Xalapa. Tiene una extensión territorial de 518.12 Km2, lo que representa un 0.20 % del total del estado.

Este poblado fue una aldea totonaca en la época prehispánica, pertenecía a la Confederación de Mexicaltzingo.

La villa de Atzalan fue fundada por Mexcaltecutli señor del Mezcalzingo hacia el año 1200 y se debió a motivos militares pues se había dado la penetración nahua, principalmente, en Xalacingo y Nautla.

Tras la Conquista, Atzalan se convierte en aldea. Fue de los primeros pueblos que recibieron la influencia del conquistador.

el padre Francisco María Cortés, en su monografía de la parroquia de San Andrés Atzalan, establece que en el año 1639 se construyó la primera iglesia de este pueblo, la torre solitaria del campanario se construyó en el año de 1702.

En 1880, Jalacingo Don Agustín Romo, jefe político del cantón de Jalacingo, trasladó a Atzalan los poderes cantonales o sea el juzgado de primera instancia, la agencia del ministerio público, el registro público de la propiedad, el reclusorio y la guardia de rurales.

Los poderes cantonales duraron en Atzalan dos años pues éstos retornaron a Jalacingo pero durante este tiempo, el pueblo de Atzalan creció económicamente por encima de las poblaciones aledañas, por lo que el 1 de diciembre de 1891 fue elevado a la categoría de Villa.

Sin embargo tras la Revolución, los capitales que había en Atzalan desaparecieron, lo que la aletargó.

Durante la época revolucionaria Atzalan tuvo el honor de ser testigo de la primera restitución de tierras hecha legalmente.

Este municipio tiene varios monumentos históricos como el Filo Bobos, que es una gran plaza totonaca que se encuentra resguardada por acantilados cañones y barrancas.

En ese lugar se encuentran dos sitios arqueológicos: El Cuajilote y Vega de la Peña; ahí hay un área urbana, el edificio de un juego de pelota o Tlachi y una plaza rectangular con edificios.

También la Capilla de San Miguel que comenzó a construirse en 1569 y el Palacio Municipal sobre lo que se conocía, desde la época de la colonia, como casas reales, el cual fue terminado en 1901.

En este municipio se encuentran los ríos Alseseca y Colorado, tributarios del Nautla. Tiene un clima templado-húmedo-regular, con una temperatura promedio de 16.2°C, así como una precipitación pluvial media anual es de 2,245.5 mm.

Su vegetación es de bosque mixto y coníferas, donde hay especies como el pino pátula y el liquidámbar. Respecto a sufauna, existen los conejos, armadillos, tejones, mapaches, tlacuaches, zorrillos y codornices.

Su riqueza natural consiste en los minerales como la toba básica, así como la forestal pues sobresalen especies como el pino, el encino y maderas preciosas.

En Atzalan, en San Andrés Apóstol, celebran el 30 de noviembre a San Andrés Apóstol con feria comercial y cultural así como bailes. También celebran a San Juan Zapotitlán el 24 de junio, a San Miguel el 29 de septiembre; y el 12 de diciembre a la Virgen de Guadalupe.

La música qu se escucha en este municipio es el danzón y la tropical. El chileatole es uno de sus platillos típicos más tradicionales.